Småsøer adskiller sig på mange måder fra store søer, bl.a. ved at bredzonen har en langt større betydning for den biologiske struktur end i de større søer, hvor de frie vandmasser og den åbne dyndbund er væsentlig for dynamikken i systemet. Småsøer har også en mere påvirkelig natur i kraft af deres mindre størrelse, hvilket bl.a. gør dem mere sårbare overfor spildevandspåvirkning.
 Vor hjemmehørende flodkrebs er en god indikator for et passende vandmiljø i småsøer. | Småsøernes størrelse gør det muligt at undersøge flere parametre ved en mindre indsats end i de større søer. Fiskeøkologisk Laboratorium har således udarbejdet et undersøgelsesprogram, der via en screening af de biologiske, vandkemiske og fysiske forhold giver et godt billede af miljøtilstanden. |
Undersøgelsesprogrammet tilrettelægges efter den enkelte sø, hvor de biologiske forhold undersøges ved plankton, vandplanter, fisk og eventuelt smådyr. Undersøgelserne skaber et vurderingsgrundlag for mulighederne eller nødvendigheden af en naturgenopretning af søen.
