Naturgenopretning af småsøer vurderes på baggrund af den aktuelle miljøtilstand, hvorunder søvandets næringsindhold og belastningen fra oplandet har betydning for en gavnlig virkning. Er søvandets næringsindhold og belastningen fra oplandet tilpas lavt, vil miljøtilstanden i de fleste småsøer kunne blive bedre ved brug af skånsomme restaureringsmetoder. Restaureringens mål er at bringe den uklare, grumsede og ofte vegetationsfattige sø tilbage til en stabil, klarvandede tilstand med et alsidigt plante- og dyreliv.
Restaureringen kan indbefatte opfiskning af skidtfisk, udplantning af vandplanter, etablering af refugier for vandplanter og dyreplankton ved netbure, samt udsætning af rovfisk. Såfremt søen er groet til, gives der anvisninger til, hvorledes plantevæksten kan nedbringes. I visse tilfælde kan en uddybning af vandhullet komme på tale.
En naturgenopretning vil ofte med fordel kunne følges op af en plejeplan til brug for den offentlige forvaltning, grundejere eller lystfiskerforeninger. En plejeplan kan variere fra sø til sø og bruges til at vedligeholde eller fremskynde en god miljøtilstand i søen, og kan eksempelvis bestå af anvisninger til en minimering af næringssalte og pesticider fra de sønære arealer, slåning af rørskov, begrænsning af andefodring og utilsigtede udsætninger af fisk mv.
