Dyre- og planteplankundersøgelser indgår som en naturlig del i vurderingen af en søs tilstand. Mængden af planteplankton (alger) afslører umiddelbart, om der er tale om en ukontrollabel stor algevækst, og dyreplanktonets arts- og størrelsessammensætning kan ofte give et fingerpeg om, i hvor stor grad fiskene påvirker dyreplanktonet negativt. På grund af en stor sæsonvariation vil det som regel være nødvendigt at foretage flere undersøgelser over året af planktonet, men en enkelt prøve over sommeren kan dog ofte give et overordnet økologisk billede af planktonsamfundet.
Planktonundersøgelser foregår enten ved at filtrere vandmasserne med et planktonnet, meget fintmasket for planteplanktonet og knap så fintmasket for dyreplanktonet, eller ved at indsamle en kendt mængde søvand med en vandhenter, hvorfra planktonet frafiltreres eller udsedimenteres. I laboratoriet artsbestemmes planktonet under mikroskop.
I vurderingen af resultaterne bestræber vi os på en økologisk indfaldsvinkel, men vi forestår også gerne kun prøveindsamlingen af plankton i felten, eksempelvis i forbindelse med NOVANA-undersøgelser, hvor vi tilbyder at varetage det øvrige standardiserede søtilsynsprogram (læs mere her).